Sí no puedes entrar a ningún lugar en tu sitio de administración wp-admin con el usuario principal de WordPress MU porque te dice que “This user has elected to delete their account and the content is no longer available.”, quiere decir que desactivaste el blog principal, y por ende no entra.
Para solucionarlo, puedes entrar directamente a la base de datos de tus blogs, entrar a la tabla wp_blogs, buscar tu blog principal, y modificar el campo “deleted” de “1″ a “0″.
Con eso podrás seguir entrando normalmente.